현상으로 설명할 수 있다.

엣시피 자체가 현상이니까 그냥 '현상이다'가 맞는 것 같습니다.

인원 스스로 생각 속에서 행동한다

표현이 좀 애매한데, '자신의 의지로만 행동한다' 는 어떨까요?

같은 국가에 바로 나타나지 않는다.

'같은 국가에 연속적으로는 나타나지 않는다'가 나을 것 같습니다.

D계급 인원, D-2376에게 (중략) 소형 카메라를 부착하에

D계급 일련번호를 쉼표가 아닌 괄호로 묶으면 어떨까요? ('D계급 인원(D-2376)에게' 와 같이) 또한 '하에'는 '하여'로 바꾸는 편이 낫겠습니다.

재단에서 기억 소거 절차를 진행했다.

어차피 재단의 문서니까 그냥 '기억 소거를 받았다' 정도가 맞는 것 같습니다. 개인적인 의견인데, 특수 격리 절차에도 노출된 민간인에 대한 기억 소거 절차가 필요해 보입니다.

여기서 █████ 박사는 하나의 실험을 더 진행했다.

보고서에 어울리지 않는 표현 같습니다. 위 문단과 같이 고쳐서 실험을 두 번 진행했다고 한 뒤, 첫 번째 실험에서는… 두 번째 실험에서는… 과 같은 표현을 제안드립니다.

인원들은 사건의 뒷수습을 시작했으며 복구하는 데에 약 ████시간이 걸렸다.

'피해 복구에는 약 ██일이 걸렸다' 정도는 어떨까요? 시간이 네자릿수로 들 정도의 일이면 날짜 단위로 기록되는 것이 맞는 것 같습니다.

송출하던 모든 프로그램은 프로그램의 재방송이 송출되었다.

재단이 개입해 재방송을 내보낸 것이 아니라면, '송출된 모든 프로그램은 이전 프로그램의 재방송이었다' 정도가 맞습니다. 호응 관계가 틀려서 명백히 어색한 문장입니다. 또한 해당 사건 기록에도 재단의 대처가 설명되었으면 합니다.